在治疗前应明确患者的肝脏疾病是否由HCV感染引起，只有确诊为血清HCV RNA阳性的丙型肝炎患者才需要抗病毒治疗。抗病毒治疗目前得到公认的比较有效的方案是：长效干扰素PEG-IFNα联合应用利巴韦林，也是现在EASL已批准的慢性丙型肝炎治疗的标准方案standard of care，SOC，其次是普通IFNα或复合IFN与利巴韦林联合疗法，均优于单用IFNα。聚乙二醇PEG干扰素αPEG-IFNα是在 IFNα分子上交联无活性、无毒性的PEG分子，延缓IFNα注射后的吸收和体内清除过程，其半衰期较长，每周1次给药即可维持有效血药浓度。
直接作用抗病毒药物Direct-acting Antiviral Agents, DAA蛋白酶抑制剂博赛匹韦BoceprevirBOC或特拉匹韦TelaprevirTVR，与干扰素联合利巴韦林的三联治疗，2011年5 月在美国开始批准用于临床，说用于基因型为1型的HCV感染者，可提高治愈率。博赛匹韦BoceprevirBOC 800mg 饭后，每天三次每7-9小时，或特拉匹韦TelaprevirTVR750mg饭后非低脂饮食，每日三次每7-9小时。期间应密切监测 HCV RNA，若发生病毒学突破血清HCV RNA 在比较低值后上升1 log，应停用蛋白酶抑制剂。
一般丙型肝炎患者的治疗
1.急性丙型肝炎：有确切证据提示干扰素治疗能够降低急性丙型肝炎的慢性化比率，可在HCV感染急性肝炎发作后8-12周进行，疗程为12-24周。比较佳治疗方案尚未比较终确定，但早期治疗对于基因1型高病毒载量800000log IU/ml的患者为有效。
2.慢性丙型肝炎：应在治疗前评估患者肝脏疾病的严重程度，肝功能反复异常者或肝穿组织学有明显炎症坏死G≥2或中度以上纤维化S≥2者，易进展为肝硬化，应给予抗病毒治疗。
3.丙型肝炎肝硬化：⑴ 代偿期肝硬化Child-Pugh A级患者，尽管对治疗的耐受性和效果有所降低，但为使病情稳定、延缓或阻止肝衰竭和HCC等并发症的发生，说在严密观察下给予抗病毒治疗。⑵ 失代偿期肝硬化患者：多难以耐受IFNα治疗的不良反应，有条件者应行肝脏移植术。
特殊丙型肝炎患者的治疗
1.儿童和老年人：有关儿童慢性丙型肝炎的治疗经验尚不充分。初步临床研究结果显示，IFNα单一治疗的SVR率似高于成人，对药物的耐受性也较好。65岁或70岁以上的老年患者原则上也应进行抗病毒治疗，但一般对治疗的耐受性较差。因此，应根据患者的年龄、对药物的耐受性、并发症如高血压、冠心病等及患者的意愿等因素全面衡量，以决定是否给予抗病毒治疗。
2.酗酒及吸毒者：慢性酒精中毒及吸毒可能促进HCV复制，加剧肝损害，从而加速发展为肝硬化甚至HCC,的进程。由于酗酒及吸毒患者对于抗病毒治疗的依从性、耐受性和SVR率均较低，因此，治疗丙型肝炎必须同时戒酒及戒毒。
3.合并HBV或HIV感染者：合并HBV感染会加速慢性丙型肝炎向肝硬化或HCC的进展。对于 HCV RNA阳性/HBV DNA阴性者，先给予抗HCV治疗;对于两种病毒均呈活动性复制者，说首先以IFNα加利巴韦林清除HCV，对于治疗后HBV DNA仍持续阳性者可再给予抗HBV治疗。对此类患者的治疗尚需进行深入研究，以确定比较佳治疗方案。
合并HIV感染也可加速慢性丙型肝炎的进展，抗HCV治疗主要取决于患者的CD4+细胞计数和肝组织的纤维化分期。免疫功能正常、尚无即刻进行高活性抗逆转录病毒治疗HAART指征者，应首先治疗HCV感染;正在接受HAART治疗、肝纤维化呈S2或S3的患者，须同时给予抗HCV治疗;但要特别注意观察利巴韦林与抗HIV核苷类似物相互作用的可能性，包括乳酸酸中毒等。对于严重免疫抑制者CD4+阳性淋巴细胞
4.慢性肾功能衰竭：对于慢性丙型肝炎伴有肾功能衰竭且未接受透析者，不应进行抗病毒治疗。已接受透析且组织病理学上尚无肝硬化的患者特别是准备行肾移植的患者，可单用IFNα治疗应注意在透析后给药。由于肾功能不全的患者可发生严重溶血，因此，一般不应用利巴韦林联合治疗。
5.肝移植后丙型肝炎复发：HCV相关的肝硬化或HCC患者经肝移植后，HCV感染复发率很高。IFNα治疗对此类患者有效果，但有促进对移植肝排斥反应的可能，可在有经验的肝病医生指导和严密观察下进行抗病毒治疗。
